FANTOM5 Views

  • Zenbu
    A new data integration, data processing, and expression enhanced visualization system with secured data upload and sharing designed for big data genomics projects (FANTOM5, FANTOM4, FANTOM3, ENCODE). Primary data visualization system for FANTOM5.
  • FANTOM CAT Browser
    An web application for the FANTOM CAT. The tool allows users to browse genes, view their genomic loci through ZENBU, filter by their annotations, intersect them with their associated sample ontologies or traits, and download the relevant data.
  • SSTAR
    (Semantic catalogue of Samples, Transcription initiation, And Regulations) An interface to explore the cell type, co-expression cluster specific annotations, motifs and transcription factors.
  • BioLayout
    A analysis tool used to identify patterns in FANTOM5 data by building network visualizations of correlation matrices.
  • FANTOM5 Data Hub on the UCSC Genome browser

FANTOM4 ビュー

  • Zenbu
    • FANTOM4 ThP1 human.6
      FANTOM4プロモータアノテーション、CAGE TSS発現シグナル、Chip-chipシグナル、qRT-PCRによる ThP1発現タイムコース、イルミナhg6v2 マイクロアレイ発現実験(siRNAによるノックダウン、THP-1のPMA刺激による分化タイムコース)。human hg18アセンブルへのマッピング。
  • SwissRegulon
  • UCSC Custom Tracks
  • The RIKEN integrated database of mammals
  • Genome Browser
    プロモーター、エクソン構造, H3K91アセチレーション、ゲノム内転写因子領域などのゲノム情報を遺伝子、プロモーター活性にリンクさせた図
  • EdgeExpressDB
    転写制御、miRNAによる転写後サイレンシング、PPI、などの制御インターラクションと、遺伝子、プロモーター活性のリンク

FANTOM3 ビュー

FANTOM2/FANTOM1 ビュー