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Welcome to FANTOM
Functional Annotation of the Mammalian Genome


FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。これまでに、103,000のマウス完全長cDNAクローンの収集およびアノテーション(機能注釈)を行い、世界中の研究機関へ配布してきました。FANTOMプロジェクトの1,2,3回目においては、ほ乳類細胞において転写されている要素の同定に取り組み、遺伝子の総数に関する概念を刷新するとともに、転写産物の半分以上がタンパク質をコードしないことをつきとめました。FANTOM3プロジェクトではそれに加え、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。その結果、これまでに考えられてきたものよりも遥かに多くの転写開始点がゲノム上に存在することが明らかになり、またプロモーター構造のモデルに関する新たな知見を得ることができました。このページでは、これら過去のFANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。


FANTOM4

FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株(THP-1)が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点(TSS)の動態をdeepCAGE法(deep sequencing with CAGE)により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。 転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。




研究ツール

Genome Browser: プロモーター、エクソン構造、H3K9アセチル化、転写因子のゲノム上の位置などのゲノム上の要素と遺伝子やプロモーター活性との関連を視覚的に表示します。

EdgeExpressDB: 転写制御、miRNAによる転写後抑制、タンパク質-タンパク質相互作用などの制御関係と遺伝子やプロモーター活性との関連を表示します。


SwissRegulon: FANTOM4では転写制御解析に、スイス バーゼル大学バイオセンターのErik van Nimwegen博士が開発した「モチーフ活性の応答解析(Motif Activity Response Analysis (MARA))」が用いられました。リンク先で、同様の解析を新たなデータに対して適用することができます。





連絡先




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2010/12/10


2010/05/31

FANTOM4プロジェクトのサテライト論文が出版されました:


Core promoter structure and genomic context reflect histone 3 lysine 9 acetylation patterns

details


2010/03/05

FANTOM4プロジェクトのサテライト論文が出版されました:


An Atlas of Combinatorial Transcriptional Regulation in Mouse and Man.

details


2010/01/05

FANTOM4プロジェクトのサテライト論文が出版されました:


Cross-mapping and the identification of editing sites in mature microRNAs in high-throughput sequencing libraries.

details


2009/12/10

FANTOM4プロジェクトのサテライト論文が出版されました:


Deciphering the transcriptional circuitry of microRNA genes expressed during human monocytic differentiation

details


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