Coexpression cluster:C1: Difference between revisions

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Full id: C1_testis_epididymis_embryonic_medulla_pituitary_trachea_caudate

Phase1 CAGE Peaks

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Hg19::chrX:84189200..84189209,+	p1@ENST00000442533
Hg19::chrX:96196835..96196869,+	p12@DIAPH2
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Hg19::chrX:99894986..99894989,-	p8@TSPAN6
Hg19::chrY:15016013..15016024,+	p5@DDX3Y

Enriched pathways on this co-expression clusterSummary: Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons. Analyst: Emmanuel Dimont link to source dataset data

p.value	FDR	nGenes	nPathway	Name
0.00106922262372736	0.0440739387471973	12	65	Glycolysis / Gluconeogenesis (KEGG):00010
2.92061264722708e-06	0.000616249268564915	27	153	RNA transport (KEGG):03013
0.000390216894033864	0.0205839411602863	15	84	mRNA surveillance pathway (KEGG):03015
0.000145699002463195	0.00922274685592022	8	25	Dorso-ventral axis formation (KEGG):04320
0.00111403320688018	0.0440739387471973	24	183	Huntington's disease (KEGG):05016
4.91128218607651e-05	0.00371190462835568	10	34	Fatty Acid Beta Oxidation (Wikipathways):WP143
5.27758951898912e-05	0.00371190462835568	12	48	Glycolysis and Gluconeogenesis (Wikipathways):WP534
0.000242850825015732	0.013974961112269	20	126	Metabolism of carbohydrates (Reactome):REACT_474
3.00752948800507e-05	0.00317294360984535	41	315	Cell Cycle, Mitotic (Reactome):REACT_152
1.29586911660761e-06	0.000410142575406309	55	421	Gene Expression (Reactome):REACT_71
1.11319657127999e-05	0.00169026403257765	27	164	Metabolism of RNA (Reactome):REACT_21257
1.33512166870272e-05	0.00169026403257765	30	194	HIV Infection (Reactome):REACT_6185
4.30717114439506e-05	0.00371190462835568	24	148	mRNA Processing (Reactome):REACT_1675
1.89389697870065e-07	0.000119883678751751	50	346	{CDC2,351} (Static Module):NA
0.00105635131603901	0.0440739387471973	5	13	{GAPDH,13} (Static Module):NA
0.000611272808984804	0.0297642836990293	10	45	{GLI1,45} (Static Module):NA

Enriched Gene Ontology terms on this co-expression clusterSummary: Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. Analyst: Erik Arner link to source dataset data

GO ID	GO name	FDR corrected p-value
GO:0048232	male gamete generation	0
GO:0007283	spermatogenesis	0
GO:0019953	sexual reproduction	0
GO:0007276	gamete generation	0
GO:0044424	intracellular part	4.23362043533979e-55
GO:0005737	cytoplasm	8.80337911534492e-47
GO:0043231	intracellular membrane-bound organelle	7.22818580741109e-41
GO:0043227	membrane-bound organelle	7.22818580741109e-41
GO:0043226	organelle	7.42896095612408e-40
GO:0043229	intracellular organelle	1.24699012974532e-39
GO:0005622	intracellular	8.20095035813228e-36
GO:0005515	protein binding	1.06814844382708e-28
GO:0044464	cell part	2.62153724710214e-27
GO:0016043	cellular component organization and biogenesis	1.21155094158549e-26
GO:0044446	intracellular organelle part	6.16879531390781e-26
GO:0044422	organelle part	9.59192127375638e-26
GO:0005634	nucleus	2.3946535003449e-21
GO:0032502	developmental process	8.49644939498531e-21
GO:0048869	cellular developmental process	4.27852248264967e-20
GO:0030154	cell differentiation	4.27852248264967e-20
GO:0007049	cell cycle	3.31096670639216e-19
GO:0022402	cell cycle process	2.99432246394449e-18
GO:0015630	microtubule cytoskeleton	1.01416274579531e-17
GO:0022414	reproductive process	1.29878839843645e-17
GO:0044444	cytoplasmic part	2.81802193549612e-16
GO:0009566	fertilization	2.17558096786889e-15
GO:0007338	single fertilization	1.33305111357723e-14
GO:0044428	nuclear part	3.84864057284226e-14
GO:0005856	cytoskeleton	4.24671951231704e-14
GO:0006996	organelle organization and biogenesis	2.18671446478815e-13
GO:0006512	ubiquitin cycle	2.46052223929533e-13
GO:0031975	envelope	2.23974483906015e-12
GO:0065003	macromolecular complex assembly	2.23974483906015e-12
GO:0007275	multicellular organismal development	2.57667877031586e-12
GO:0022607	cellular component assembly	6.2616522894963e-12
GO:0031967	organelle envelope	7.83385552205938e-12
GO:0003712	transcription cofactor activity	1.04828017185295e-11
GO:0044238	primary metabolic process	1.9653889572235e-11
GO:0022403	cell cycle phase	1.98586831718415e-11
GO:0000279	M phase	1.98586831718415e-11
GO:0005874	microtubule	4.15258148329577e-11
GO:0007286	spermatid development	4.3753287231624e-11
GO:0043170	macromolecule metabolic process	5.12180048545753e-11
GO:0043687	post-translational protein modification	8.26874154405013e-11
GO:0048515	spermatid differentiation	1.7234330848237e-10
GO:0008134	transcription factor binding	4.03099116533809e-10
GO:0044237	cellular metabolic process	4.17118491447792e-10
GO:0005813	centrosome	5.27468294775141e-10
GO:0048523	negative regulation of cellular process	6.39102524336075e-10
GO:0006366	transcription from RNA polymerase II promoter	6.50892396363686e-10
GO:0003713	transcription coactivator activity	1.5719633889725e-09
GO:0019538	protein metabolic process	1.66226393616427e-09
GO:0006464	protein modification process	2.1974294532407e-09
GO:0043283	biopolymer metabolic process	2.79125750810284e-09
GO:0043233	organelle lumen	5.33958125384464e-09
GO:0031974	membrane-enclosed lumen	5.33958125384464e-09
GO:0048519	negative regulation of biological process	8.20547995263143e-09
GO:0005739	mitochondrion	1.13495079865507e-08
GO:0043412	biopolymer modification	1.17930471015682e-08
GO:0031090	organelle membrane	1.36926550100485e-08
GO:0019861	flagellum	1.62314113329351e-08
GO:0043228	non-membrane-bound organelle	2.53896452881295e-08
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GO:0007076	mitotic chromosome condensation	0.0272892219074818
GO:0042054	histone methyltransferase activity	0.0274880278494008
GO:0007050	cell cycle arrest	0.0277290803176653
GO:0016301	kinase activity	0.0277290803176653
GO:0019320	hexose catabolic process	0.0281056016069357
GO:0044275	cellular carbohydrate catabolic process	0.028686483274178
GO:0004843	ubiquitin-specific protease activity	0.029014541620793
GO:0031072	heat shock protein binding	0.0294978541574034
GO:0019318	hexose metabolic process	0.0295022294672826
GO:0046365	monosaccharide catabolic process	0.0301442936064128
GO:0006541	glutamine metabolic process	0.0301780757599759
GO:0000785	chromatin	0.0303606701718794
GO:0006302	double-strand break repair	0.0307593121997967
GO:0008276	protein methyltransferase activity	0.0309996272402259
GO:0019783	small conjugating protein-specific protease activity	0.0310082794333106
GO:0044451	nucleoplasm part	0.0342724079300031
GO:0046164	alcohol catabolic process	0.0348939581330135
GO:0006886	intracellular protein transport	0.0365817177134991
GO:0005996	monosaccharide metabolic process	0.0381513318350776
GO:0003714	transcription corepressor activity	0.0411753162128564
GO:0018024	histone-lysine N-methyltransferase activity	0.0413042601936914
GO:0016279	protein-lysine N-methyltransferase activity	0.0413042601936914
GO:0016278	lysine N-methyltransferase activity	0.0413042601936914
GO:0016023	cytoplasmic membrane-bound vesicle	0.0417915382432135
GO:0006007	glucose catabolic process	0.0427971227182524
GO:0044262	cellular carbohydrate metabolic process	0.0429963964966911
GO:0043549	regulation of kinase activity	0.0431453266227206
GO:0006350	transcription	0.0437422682764285
GO:0006006	glucose metabolic process	0.0444152384769106
GO:0065009	regulation of a molecular function	0.0444152384769106
GO:0004459	L-lactate dehydrogenase activity	0.0449279462798471
GO:0019642	anaerobic glycolysis	0.0449279462798471
GO:0051131	chaperone-mediated protein complex assembly	0.0451965411012424
GO:0000801	central element	0.0451965411012424
GO:0004075	biotin carboxylase activity	0.0451965411012424
GO:0005816	spindle pole body	0.0451965411012424
GO:0045578	negative regulation of B cell differentiation	0.0451965411012424
GO:0000150	recombinase activity	0.0451965411012424
GO:0031056	regulation of histone modification	0.0451965411012424
GO:0035092	sperm chromatin condensation	0.0451965411012424
GO:0004103	choline kinase activity	0.0451965411012424
GO:0006096	glycolysis	0.0466420515163397
GO:0019888	protein phosphatase regulator activity	0.0469820486288388
GO:0006915	apoptosis	0.0488611387708815
GO:0043167	ion binding	0.0494767037460143
GO:0031988	membrane-bound vesicle	0.0495081636407389
GO:0046872	metal ion binding	0.0497139626033944

Enriched sample ontology terms on this co-expression clusterSummary:To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. Analyst: Hideya Kawaji links to source dataset uberon_data

Uber Anatomy
Ontology term	p-value	n
testis	6.50e-34	8
male reproductive organ	4.86e-25	11
gonad	1.02e-13	21
indifferent external genitalia	1.02e-13	21
indifferent gonad	1.02e-13	21
gonad primordium	1.02e-13	21
external genitalia	3.77e-13	22
male organism	3.77e-13	22
male reproductive system	3.77e-13	22
body cavity	7.30e-07	46

Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression clusterSummary:The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. Analyst: Michiel de Hoon link to source data Novel motifs data Jaspar motifs data

Novel motifs

JASPAR motifs

Motifs	-log10(p-value)
MA0003.1	28.561
MA0004.1	5.66459
MA0006.1	8.83464
MA0007.1	2.21624
MA0009.1	0.170989
MA0014.1	2.12436
MA0017.1	1.59289
MA0019.1	0.00132776
MA0024.1	5.12024
MA0025.1	0.233524
MA0027.1	0.453731
MA0028.1	3.60588
MA0029.1	0.0484599
MA0030.1	0.0070629
MA0031.1	0.00364478
MA0038.1	1.79678
MA0040.1	0.010177
MA0041.1	0.00252347
MA0042.1	4.75785e-05
MA0043.1	3.51848
MA0046.1	9.52305e-06
MA0048.1	3.85471
MA0050.1	1.84524e-13
MA0051.1	1.30703e-10
MA0052.1	5.27042e-05
MA0055.1	0.00482536
MA0056.1	0
MA0057.1	2.79655e-15
MA0058.1	6.34114
MA0059.1	6.88183
MA0060.1	133.37
MA0061.1	0.0184383
MA0063.1	0
MA0066.1	8.47098
MA0067.1	0.730847
MA0068.1	1.12227e-09
MA0069.1	0.163109
MA0070.1	0.360676
MA0071.1	0.772478
MA0072.1	0.284085
MA0073.1	0
MA0074.1	1.06712
MA0076.1	2.24976
MA0077.1	2.37233
MA0078.1	18.1262
MA0081.1	0.000160173
MA0083.1	3.06694
MA0084.1	0.0829684
MA0087.1	0.0714334
MA0088.1	0.849295
MA0089.1	0
MA0090.1	0.407393
MA0091.1	1.36129
MA0092.1	0.0261859
MA0093.1	7.81309
MA0095.1	0
MA0098.1	0
MA0100.1	150.142
MA0101.1	0.0027718
MA0103.1	3.29645
MA0105.1	0.794933
MA0106.1	0.211293
MA0107.1	2.10031e-09
MA0108.2	0.105188
MA0109.1	0
MA0111.1	0.377214
MA0113.1	0.293344
MA0114.1	2.15191
MA0115.1	0.901065
MA0116.1	5.02416
MA0117.1	0.375298
MA0119.1	1.63821
MA0122.1	0.299944
MA0124.1	0.00558762
MA0125.1	0.0335724
MA0130.1	0
MA0131.1	9.2184
MA0132.1	0
MA0133.1	0
MA0135.1	0.0175828
MA0136.1	1.24536e-07
MA0139.1	3.38117
MA0140.1	1.03351
MA0141.1	6.62788
MA0142.1	0.089481
MA0143.1	4.59108
MA0144.1	0.000702263
MA0145.1	4.1716
MA0146.1	28.663
MA0147.1	25.3435
MA0148.1	8.3006e-06
MA0149.1	0
MA0062.2	2.8999
MA0035.2	0.093254
MA0039.2	1.01985
MA0138.2	0.814803
MA0002.2	0.0171171
MA0137.2	0.0119726
MA0104.2	31.0138
MA0047.2	7.94326e-05
MA0112.2	14.5521
MA0065.2	2.41247
MA0150.1	0.00286947
MA0151.1	0
MA0152.1	0.000219945
MA0153.1	0.00233413
MA0154.1	0.220457
MA0155.1	4.48117
MA0156.1	3.93435e-07
MA0157.1	0.00335181
MA0158.1	0
MA0159.1	2.71853
MA0160.1	10.4396
MA0161.1	0
MA0162.1	0.169863
MA0163.1	8.9876
MA0164.1	0.214356
MA0080.2	5.56562e-13
MA0018.2	25.3795
MA0099.2	5.12636e-13
MA0079.2	0
MA0102.2	0.0399404
MA0258.1	10.7641
MA0259.1	15.2786
MA0442.1	0

ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysisSummary: For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. Analyst: Erik Arner link to source dataset data

(#promoters = Number of promoters in this coexpression cluster that have ChIP signal of the TF)

TF	#promoters	Enrichment	p-value	q-value
ATF3#467	302	1.18475003612551	0.00152509240332078	0.00971273403929626
CHD2#1106	612	1.10557840979384	0.00466226979514862	0.0220078099496283
CTCFL#140690	352	1.21389433712172	0.000124646409602404	0.00166108796382104
E2F6#1876	1309	1.14695369416554	1.609320017654e-08	1.17125974441649e-06
ETS1#2113	700	1.18933507606386	8.45618701873474e-07	3.67675152393688e-05
GABPB1#2553	889	1.09730543666887	0.00142321915323813	0.0091730180909058
HSF1#3297	51	1.46329444638491	0.00522258238603163	0.0241998882743138
IRF1#3659	807	1.0763519296413	0.0125411944816704	0.0453622570641813
MXI1#4601	636	1.10645469016607	0.00370917362299545	0.0187068951135803
NFYA#4800	471	1.51562146517991	3.99479365901351e-19	9.5253939487149e-17
NFYB#4801	484	1.41665035534608	1.3137729585668e-14	2.25302354712246e-12
NRF1#4899	574	1.22401334316906	3.32293300892692e-07	1.65970253715599e-05
SETDB1#9869	188	1.32381504042368	8.37192025131484e-05	0.00125697955596186
SREBF1#6720	193	1.58437459692879	5.32531385277704e-10	5.13072374049983e-08
THAP1#55145	218	1.19428458320321	0.00454447762656829	0.0214809096556309
ZBTB33#10009	214	1.18341794558435	0.00708634014516332	0.0295516003202648
ZNF143#7702	470	1.10817533697994	0.0107921542899901	0.0398023095519556

Relative expression of the co-expression clusterSummary:Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. Analyst:NA link to data source data

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {{Coexpression_clusters
+|coexpression_dpi_cluster_scores_median=0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.508751089901837,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.761481141102198,0.90129849036777,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
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