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Revision as of 14:20, 21 June 2012


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Enriched pathways on this co-expression cluster<b>Summary:</b><br>Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons.<br><b>Analyst: </b>Emmanuel Dimont<br><br>link to source dataset<br>data


No results for this coexpression

Enriched Gene Ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b> Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br>data


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Enriched sample ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b>To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. <b>Analyst:</b> Hideya Kawaji <br><br>links to source dataset<br><br>cell_data<br>uberon_data<br><br>


Cell Type
Ontology termp-valuen
hematopoietic stem cell1.07e-57172
angioblastic mesenchymal cell1.07e-57172
hematopoietic oligopotent progenitor cell9.17e-55165
hematopoietic multipotent progenitor cell9.17e-55165
leukocyte1.61e-54140
hematopoietic cell8.49e-52182
hematopoietic lineage restricted progenitor cell3.23e-45124
nongranular leukocyte1.59e-43119
myeloid cell1.74e-41112
common myeloid progenitor1.74e-41112
myeloid leukocyte1.27e-3876
granulocyte monocyte progenitor cell6.85e-3571
myeloid lineage restricted progenitor cell4.34e-3370
macrophage dendritic cell progenitor4.64e-3265
monopoietic cell5.03e-3163
monocyte5.03e-3163
monoblast5.03e-3163
promonocyte5.03e-3163
CD14-positive, CD16-negative classical monocyte9.47e-2842
classical monocyte4.73e-2545
lymphocyte1.29e-1153
common lymphoid progenitor1.29e-1153
lymphoid lineage restricted progenitor cell1.51e-1152
mesenchymal cell3.06e-11358
connective tissue cell1.13e-09365
Uber Anatomy
Ontology termp-valuen
hematopoietic system2.32e-39102
blood island2.32e-39102
hemolymphoid system7.34e-38112
bone marrow4.68e-3080
bone element4.27e-2586
adult organism5.81e-25115
immune system1.14e-24115
skeletal element4.79e-19101
skeletal system4.79e-19101
lateral plate mesoderm5.43e-11216
connective tissue1.56e-08375
blood1.23e-0715
haemolymphatic fluid1.23e-0715
organism substance1.23e-0715


Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression cluster<b>Summary:</b>The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. <b>Analyst:</b> Michiel de Hoon <br><br>link to source data <br> Novel motifs <br>data <br><br> Jaspar motifs <br>data


Novel motifs



JASPAR motifs

Motifs-log10(p-value)

{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}}



ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysis<b>Summary:</b> For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br><br>data


No analysis results for this cluster

Relative expression of the co-expression cluster<b>Summary:</b>Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. <br><b>Analyst:</b>NA<br><br>link to data source<br> data


"{{{coexpression_dpi_cluster_scores_median}}}" is not a number.