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Revision as of 14:16, 21 June 2012


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Enriched pathways on this co-expression cluster<b>Summary:</b><br>Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons.<br><b>Analyst: </b>Emmanuel Dimont<br><br>link to source dataset<br>data


No results for this coexpression

Enriched Gene Ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b> Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br>data


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GO:0008373sialyltransferase activity0.0350552337150717
GO:0050767regulation of neurogenesis0.0350552337150717
GO:0019935cyclic-nucleotide-mediated signaling0.0357379919857634
GO:0045767regulation of anti-apoptosis0.0360377507174353
GO:0016358dendrite development0.0360377507174353
GO:0030516regulation of axon extension0.0360377507174353
GO:0044446intracellular organelle part0.0360377507174353
GO:0050877neurological system process0.0360377507174353
GO:0031410cytoplasmic vesicle0.0364945411492439
GO:0032940secretion by cell0.0385177209255228
GO:0004860protein kinase inhibitor activity0.0385836920973071
GO:0045761regulation of adenylate cyclase activity0.0409239831444474
GO:0003712transcription cofactor activity0.0415760387557223
GO:0051339regulation of lyase activity0.0428830180717856
GO:0031279regulation of cyclase activity0.0428830180717856
GO:0019210kinase inhibitor activity0.0428830180717856
GO:0003008system process0.0438511399644669



Enriched sample ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b>To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. <b>Analyst:</b> Hideya Kawaji <br><br>links to source dataset<br><br>cell_data<br>uberon_data<br><br>


Cell Type
Ontology termp-valuen
neurectodermal cell1.80e-0959
neural cell2.06e-0925
Uber Anatomy
Ontology termp-valuen
regional part of nervous system1.02e-4594
nervous system1.02e-4594
central nervous system5.05e-4382
neurectoderm4.07e-3790
neural plate2.09e-3586
presumptive neural plate2.09e-3586
brain2.44e-3569
future brain2.44e-3569
neural tube5.23e-3557
neural rod5.23e-3557
future spinal cord5.23e-3557
neural keel5.23e-3557
adult organism7.29e-33115
ectoderm2.14e-32173
presumptive ectoderm2.14e-32173
regional part of brain4.24e-3259
ectoderm-derived structure9.57e-31169
anterior neural tube9.61e-2742
regional part of forebrain1.49e-2641
forebrain1.49e-2641
future forebrain1.49e-2641
pre-chordal neural plate1.09e-2561
head1.91e-25123
anterior region of body2.01e-25129
craniocervical region2.01e-25129
telencephalon9.75e-2334
gray matter1.03e-2234
brain grey matter1.03e-2234
regional part of telencephalon4.23e-2233
cerebral hemisphere1.10e-2132
organism subdivision1.75e-19365
cerebral cortex1.74e-1725
pallium1.74e-1725
regional part of cerebral cortex4.19e-1622
cell layer8.50e-16312
epithelium1.05e-15309
tube3.05e-15194
neocortex7.80e-1520
multi-tissue structure5.98e-13347
anatomical conduit2.59e-12241
organ part3.68e-12219
anatomical cluster9.37e-12286
multi-cellular organism6.98e-11659
posterior neural tube2.68e-0915
chordal neural plate2.68e-0915
embryo8.78e-09612
segmental subdivision of nervous system3.79e-0813
segmental subdivision of hindbrain1.20e-0712
hindbrain1.20e-0712
presumptive hindbrain1.20e-0712
anatomical system3.57e-07625
embryonic structure4.36e-07605
developing anatomical structure4.36e-07605
anatomical group5.49e-07626
germ layer7.50e-07604
embryonic tissue7.50e-07604
presumptive structure7.50e-07604
epiblast (generic)7.50e-07604
basal ganglion7.55e-079
nuclear complex of neuraxis7.55e-079
aggregate regional part of brain7.55e-079
collection of basal ganglia7.55e-079
cerebral subcortex7.55e-079


Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression cluster<b>Summary:</b>The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. <b>Analyst:</b> Michiel de Hoon <br><br>link to source data <br> Novel motifs <br>data <br><br> Jaspar motifs <br>data


Novel motifs



JASPAR motifs

Motifs-log10(p-value)

{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}}



ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysis<b>Summary:</b> For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br><br>data


No analysis results for this cluster

Relative expression of the co-expression cluster<b>Summary:</b>Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. <br><b>Analyst:</b>NA<br><br>link to data source<br> data


"{{{coexpression_dpi_cluster_scores_median}}}" is not a number.