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Coexpression cluster:C176: Difference between revisions

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Revision as of 14:18, 21 June 2012


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-
Hg19::chr7:155437341..155437405,+p1@RBM33
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Hg19::chrX:123094564..123094581,+p5@STAG2


Enriched pathways on this co-expression cluster<b>Summary:</b><br>Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons.<br><b>Analyst: </b>Emmanuel Dimont<br><br>link to source dataset<br>data


No results for this coexpression

Enriched Gene Ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b> Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br>data


GO IDGO nameFDR corrected p-value
GO:0016070RNA metabolic process2.04805303337828e-16
GO:0005634nucleus5.91057991685637e-16
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GO:0044428nuclear part1.65553376857781e-11
GO:0006139nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process1.9791392473282e-11
GO:0043283biopolymer metabolic process7.54138067960235e-11
GO:0006355regulation of transcription, DNA-dependent7.93606534422575e-11
GO:0031981nuclear lumen1.4487896449597e-10
GO:0044451nucleoplasm part1.4487896449597e-10
GO:0006351transcription, DNA-dependent1.4487896449597e-10
GO:0032774RNA biosynthetic process1.4487896449597e-10
GO:0043233organelle lumen1.07378294608341e-09
GO:0031974membrane-enclosed lumen1.07378294608341e-09
GO:0045449regulation of transcription1.20411774222063e-09
GO:0019219regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process2.07478549350105e-09
GO:0010467gene expression3.23347342085246e-09
GO:0043231intracellular membrane-bound organelle3.89486616805506e-09
GO:0043227membrane-bound organelle3.89486616805506e-09
GO:0006350transcription4.01781254181114e-09
GO:0010468regulation of gene expression5.09781748222147e-09
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GO:0050794regulation of cellular process5.85585363872622e-07
GO:0005622intracellular5.98883247284247e-07
GO:0043229intracellular organelle1.61683472984701e-06
GO:0043226organelle1.61683472984701e-06
GO:0044446intracellular organelle part3.17560673516358e-06
GO:0044422organelle part3.29559932897327e-06
GO:0016071mRNA metabolic process3.98629041141266e-06
GO:0050789regulation of biological process4.84705507682382e-06
GO:0065007biological regulation1.44141419662829e-05
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GO:0006325establishment and/or maintenance of chromatin architecture2.78098088741691e-05
GO:0006323DNA packaging2.98809127512521e-05
GO:0006259DNA metabolic process4.37513673725924e-05
GO:0016568chromatin modification4.47292275502309e-05
GO:0008380RNA splicing5.09901043828198e-05
GO:0051276chromosome organization and biogenesis8.84265175142438e-05
GO:0018076N-terminal peptidyl-lysine acetylation0.000109206058845818
GO:0018394peptidyl-lysine acetylation0.000109206058845818
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GO:0045935positive regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process0.000181131400730647
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GO:0044238primary metabolic process0.000322919765554256
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GO:0031325positive regulation of cellular metabolic process0.000580837189861837
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GO:0009893positive regulation of metabolic process0.000817596507976426
GO:0018205peptidyl-lysine modification0.000992124687775453
GO:0045944positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter0.00113536569907426
GO:0017053transcriptional repressor complex0.0011980133531595
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GO:0016573histone acetylation0.00197189449901821
GO:0018409peptide or protein amino-terminal blocking0.00226235410115885
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GO:0045934negative regulation of nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process0.00250271221666721
GO:0003723RNA binding0.00356557517576573
GO:0031365N-terminal protein amino acid modification0.00356557517576573
GO:0005515protein binding0.00362308024683212
GO:0006473protein amino acid acetylation0.00467267787776979
GO:0000184mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay0.00467267787776979
GO:0016564transcription repressor activity0.00478296814858988
GO:0031324negative regulation of cellular metabolic process0.00505553640616498
GO:0004468lysine N-acetyltransferase activity0.00629279275980798
GO:0004402histone acetyltransferase activity0.00629279275980798
GO:0045814negative regulation of gene expression, epigenetic0.00672036348106831
GO:0006887exocytosis0.00746455895371333
GO:0006357regulation of transcription from RNA polymerase II promoter0.00753245338880945
GO:0006402mRNA catabolic process0.00805062666196582
GO:0009892negative regulation of metabolic process0.00839215155288564
GO:0003682chromatin binding0.00846323818811058
GO:0043543protein amino acid acylation0.00886539050646993
GO:0018193peptidyl-amino acid modification0.00887745789516632
GO:0043425bHLH transcription factor binding0.00978168405706219
GO:0051577MyoD binding0.00978168405706219
GO:0043426MRF binding0.00978168405706219
GO:0004883glucocorticoid receptor activity0.00978168405706219
GO:0031932TORC 2 complex0.00978168405706219
GO:0004386helicase activity0.0100200006009732
GO:0044464cell part0.0104811135956777
GO:0006950response to stress0.0111099691207288
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GO:0016043cellular component organization and biogenesis0.0114322406403173
GO:0006996organelle organization and biogenesis0.011529206903564
GO:0003712transcription cofactor activity0.0128320861573194
GO:0016563transcription activator activity0.0137873544696713
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GO:0030323respiratory tube development0.0142219074408801
GO:0043687post-translational protein modification0.014700746057638
GO:0006401RNA catabolic process0.0159192083747378
GO:0006464protein modification process0.0164906416690819
GO:0042975peroxisome proliferator activated receptor binding0.0164906416690819
GO:0051896regulation of protein kinase B signaling cascade0.0164906416690819
GO:0016570histone modification0.0164906416690819
GO:0001666response to hypoxia0.0164906416690819
GO:0006512ubiquitin cycle0.0171365002087408
GO:0048518positive regulation of biological process0.0173445567288284
GO:0016569covalent chromatin modification0.0173730484453595
GO:0009952anterior/posterior pattern formation0.0207410997161865
GO:0008026ATP-dependent helicase activity0.0217252221298926
GO:0007049cell cycle0.0217252221298926
GO:0003713transcription coactivator activity0.022472748674848
GO:0007243protein kinase cascade0.0233284123103522
GO:0043412biopolymer modification0.0233284123103522
GO:0005635nuclear envelope0.0240200551782881
GO:0006281DNA repair0.0262042156577
GO:0040029regulation of gene expression, epigenetic0.0265266456191394
GO:0045892negative regulation of transcription, DNA-dependent0.0265266456191394
GO:0007519skeletal muscle development0.0276633383013126
GO:0003700transcription factor activity0.0283948889122752
GO:0005667transcription factor complex0.0283948889122752
GO:0000377RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile0.0289101437357237
GO:0000398nuclear mRNA splicing, via spliceosome0.0289101437357237
GO:0000375RNA splicing, via transesterification reactions0.0289101437357237
GO:0008080N-acetyltransferase activity0.0310977097245966
GO:0008134transcription factor binding0.0331028901367043
GO:0043491protein kinase B signaling cascade0.0331028901367043
GO:0017016Ras GTPase binding0.0331496531642673
GO:0006974response to DNA damage stimulus0.0367141147123424
GO:0045045secretory pathway0.0374313327026615
GO:0043285biopolymer catabolic process0.0378322604307343
GO:0019907cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex0.0382270460094718
GO:0031267small GTPase binding0.038589881052216
GO:0003002regionalization0.0392664956444353
GO:0016407acetyltransferase activity0.0392664956444353
GO:0008415acyltransferase activity0.0392664956444353
GO:0014706striated muscle development0.0395550349984727
GO:0016747transferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups0.0395550349984727
GO:0016410N-acyltransferase activity0.0400757210967511
GO:0006359regulation of transcription from RNA polymerase III promoter0.0417907099392139
GO:0051020GTPase binding0.0465388385645271
GO:0031532actin cytoskeleton reorganization0.0467486869842573
GO:0017022myosin binding0.0467486869842573
GO:0006333chromatin assembly or disassembly0.0474676277540671



Enriched sample ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b>To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. <b>Analyst:</b> Hideya Kawaji <br><br>links to source dataset<br><br>cell_data<br>uberon_data<br><br>


Cell Type
Ontology termp-valuen
leukocyte2.62e-46140
hematopoietic stem cell6.82e-45172
angioblastic mesenchymal cell6.82e-45172
hematopoietic oligopotent progenitor cell3.27e-41165
hematopoietic multipotent progenitor cell3.27e-41165
hematopoietic cell4.36e-39182
hematopoietic lineage restricted progenitor cell1.73e-37124
nongranular leukocyte1.27e-34119
myeloid leukocyte1.08e-2676
myeloid cell3.90e-26112
common myeloid progenitor3.90e-26112
CD14-positive, CD16-negative classical monocyte2.10e-2342
granulocyte monocyte progenitor cell3.20e-2371
myeloid lineage restricted progenitor cell2.66e-2270
classical monocyte2.22e-2145
macrophage dendritic cell progenitor3.80e-2065
monopoietic cell3.76e-1963
monocyte3.76e-1963
monoblast3.76e-1963
promonocyte3.76e-1963
lymphoid lineage restricted progenitor cell1.29e-1352
lymphocyte1.95e-1353
common lymphoid progenitor1.95e-1353
mature alpha-beta T cell4.57e-1018
alpha-beta T cell4.57e-1018
immature T cell4.57e-1018
mature T cell4.57e-1018
immature alpha-beta T cell4.57e-1018
T cell8.48e-0825
pro-T cell8.48e-0825
CD8-positive, alpha-beta T cell7.98e-0711
Uber Anatomy
Ontology termp-valuen
hematopoietic system9.65e-27102
blood island9.65e-27102
adult organism4.51e-26115
hemolymphoid system3.44e-23112
bone marrow1.31e-1880
bone element8.10e-1886
immune system2.01e-13115
skeletal element4.94e-13101
skeletal system4.94e-13101
neural tube8.73e-1057
neural rod8.73e-1057
future spinal cord8.73e-1057
neural keel8.73e-1057
anterior neural tube5.58e-0942
regional part of forebrain7.12e-0941
forebrain7.12e-0941
future forebrain7.12e-0941
regional part of brain1.68e-0759
central nervous system2.63e-0782
blood4.11e-0715
haemolymphatic fluid4.11e-0715
organism substance4.11e-0715
gray matter5.01e-0734
brain grey matter5.01e-0734
telencephalon6.08e-0734
brain6.53e-0769
future brain6.53e-0769
regional part of telencephalon8.56e-0733


Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression cluster<b>Summary:</b>The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. <b>Analyst:</b> Michiel de Hoon <br><br>link to source data <br> Novel motifs <br>data <br><br> Jaspar motifs <br>data


Novel motifs



JASPAR motifs

Motifs-log10(p-value)

{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}}



ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysis<b>Summary:</b> For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br><br>data


No analysis results for this cluster

Relative expression of the co-expression cluster<b>Summary:</b>Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. <br><b>Analyst:</b>NA<br><br>link to data source<br> data


"{{{coexpression_dpi_cluster_scores_median}}}" is not a number.